20%。根据社保中心部门官网查询显示：三甲医院的新农合住院报销比例是20%，二级医院30%，乡镇卫生院报销比例40%。但报销需满足每次就诊的检查和手术费用控制在50元以内，处方药费用控制在100元以内的条件。