院丰369小麦的缺点主要有：1.容易感染纹枯病、赤霉病、白粉病、叶锈病等多种病害，需要加强田间管理和药剂防治。2.穗层整齐度不够高，熟相稍差，这会影响到小麦的产量和品质。3.籽粒饱满度稍差，可能会影响到小麦的口感和营养价值。需要注意的是，院丰369小麦的缺点并不是普遍存在于所有种植的小麦中，而是受到环境、气候、土壤等多种因素的影响。因此，在种植过程中，需要针对不同的情况采取相应的措施，提高小麦的产量和品质。