不一样。闽台合作与普通专业上课不同，闽台合作的专业和普通专业上课不同的原因主要是前者在课程设置上融入了台湾的课程，并有机会安排学生到台湾的大学进行学习和交流，同时有台湾的老师来给学生们上课。闽台合作是福建省与台湾地区之间的合作与交流。