是的。硕士签署《三方协议》的主要目的是为了保障大学毕业生的一系列权益，一旦硕士学位授予并毕业，该协议即失效，因此，如果已经顺利考上博士并开始攻读博士学位，那么之前签署的硕士三方协议自然已经失效。