约3小时23分钟。南京到莫干山自驾需要约3小时23分钟。驾车前往最短路程为248.4公里，会途经S87南京支线、G25长深高速、S43杭州绕城西复线。莫干山，系天目山之余脉，山体呈北东走向，位于浙江省湖州市德清县境内，是国家级风景名胜区，风景名胜资源十分丰富，主要景点有芦花荡公园、武陵村、剑池飞瀑、白云山馆、怪石角等百余处。