会。道路运输企业安全员证变更编号会变。当道路运输企业的安全员证需要进行变更时，例如安全员姓名、证件号码、所在部门等发生变化时，企业需要向当地的交通运输管理部门提交申请，并进行相应的审核和办理。道路运输安全员是从事道路运输领域安全管理工作的专业人员。