二次复函的合理理由如下：对复函类型为“经调查有疑点尚未核查完毕”的，待核查完毕后，必须再次复函，将处理情况及时函告发函机关。复函以最后一次内容为准。有新情况或新的理由出现时需要二次复函。复函，适用于答复平行机关或不相隶属机关的业务问题。这种函的针对性强，一般针对来函方的问题进行答复，或者对方请求解决什么问题就回答什么问题，同时要求有一定的时效性。