发票不可以开木薯淀粉代替玉米淀粉。根据发票管理办法的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票；在经营活动中，必须使用国务院税务主管部门指定的增值税发票。发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证。除了预付款以外，发票必须具备的要素是根据议定条件由购买方向出售方付款。