北京同仁医院亦庄院区和崇文门院区主要有以下几点区别：1.位置不同：亦庄院区位于北京市大兴区亦庄开发区荣华南路29号，而崇文门院区位于北京市东城区崇文门外大街6号。2.医疗设施和服务不同：亦庄院区设有眼底病科、眼肿瘤科、小儿眼科等，而崇文门院区则设有青少年近视医疗中心、角膜和外眼病科。3.就诊环境和专家数量不同：崇文门院区也称为东西区，是同仁医院的老院区，也是总院，出诊的医生更多，百分之九十的专家都是在这出诊，检查室更多检查机器更多，所以同一项检查能比亦庄院区更快做上，但就诊环境比较老旧。亦庄院区也称为南区，是同仁医院的新院区，为了缓解北京南部的医疗压力而建设的，出诊的医生较少，好的专家更是少之又少。虽然就诊环境好但检查室和检查机器数量较少，很多检查都比较慢。同仁医院挂号时不要挂亦庄院区的号，因为亦庄院区的专家很少，而同仁医院是挂谁的号就是谁给手术，所以最好还是挂东西区的专家。以上信息供您参考，若您需要更详细的信息，请您前往同仁医院官网或同仁医院线下门店进行咨询。