区别：水质差异、养殖物种不同。1、水质差异：海水养殖大棚使用的是海水，而淡水养殖大棚使用的是淡水。由于海水中盐度高且含有多种元素，与淡水相比更难以保持水质平衡。2、养殖物种不同：由于水质差异，海水养殖大棚主要用于养殖海水生物，如海藻、贝类等，而淡水养殖大棚主要用于养殖淡水生物，如河豚、鲤鱼等。