网络查控费用由当事人负担。根据调查相关公开信息显示，《中华人民共和国查封扣押法》规定，当事人应当承担查封扣押和查封扣押费用，其中包括查控费用，查控费用一般指的是查封扣押机关在执行查封扣押案件中发生的相关费用。