复旦大学医科学院博士更好。原因如下：1、复旦大学医科学院博士档次更高。复旦大学医科学院博士比复旦大学中山山医学院博士高一个档次。2、复旦大学医科学院博士薪资更高。复旦大学医科学院博士平均年薪为70W。