国有资本经营预算收入的主体是本级人民政府。国有资本经营预算的收入主要是税收，税收分为国税和地税，占税收很大比例的是各地的地方税收，各地的税收主体是各地的人民政府。所以说国有资本经营预算收入的主体是各地的本级人民政府。