发函说三天不来维修扣尾款不同意应该按照合同约定处理。合同没有约定的，自行协商解决，或者由第三方调解（例如人民调解委员会），或者向法院依法起诉。如果债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，也可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令。