医疗机构未能优先使用医保目录内的药品有多种原因，以下是一些常见的原因。1、医生缺乏相关知识和了解：医生可能不知道或不了解某些药品已经被纳入医保目录中，或者不太清楚某些药品与其他药物的相互作用情况。2、医保目录限制过严：有些情况下，医保目录中涵盖的药品种类和范围有限，而患者所需要用到的特效药并不在其中，此时医生需要根据患者的实际病情来进行治疗选择。3、利益驱动：有些医疗机构和医生可能会出于利益考虑，选择使用价格更高的药品，从中获取更多的利益，这种情况下，医生的行为就十分不妥，不仅违反了专业道德，也影响到了患者的权益。