标记辅助选择的局限性包括DNA标记和QTL连锁紧密。标记辅助选择：利用表型信息结合基因型信息来选择个体的一种技术，可以提高选择的准确性和强度。MAS的实质是以多种分子标记为前提和基础，如RFLP、SSCP、微卫星标记等，是常规选择的辅助手段。它实现了表型选择到基因型选择的重大转变，提高了选择准确性，加快了遗传改良速度。