分子对接不能用于分子和离子。分子对接是一种计算化学方法，主要用于研究分子之间的相互作用和结合方式。一般来说，分子对接主要适用于分子和分子之间的相互作用研究，而离子和分子之间的相互作用比较复杂，涉及到离子的电荷和分子的极性等因素，因此分子对接方法不适用于离子和分子之间的相互作用研究。