哈尔滨中远加油站停止合作的原因有：哈尔滨中远加油站怠于履行义务，哈尔滨中远加油站因消防安全存在隐患，需进行停业整顿，导致合作终止。哈尔滨中远加油站承担被政府联合执法要求拆除加油站而停业的责任错误。