医疗费扣减非医保协商有以下步骤：1、确定双方的权利义务，明确由谁负担医疗费用。2、双方协商后，把协议中的具体内容和金额写成结算协议书，由双方签字盖章。3、把结算协议书交给医院收费科，并提供医院收费科所需的证件（如，身份证、就诊卡等）。4、医院收费科核对结算协议书及提供的证件，并根据收费标准办理减免费用手续。5、收费科门口有收费人员，向收费人员提出要求，签字确认并领取发票，最后办理出院手续。