不会。企业支付宝只是作为一种支付方式，与企业的营业执照没有直接关系，所以企业支付宝的流水不会影响营业执照。支付宝(Alipay)是蚂蚁科技集团股份有限公司旗下业务，成立于2004年，历经19年发展，是国内第三方支付开放平台。