3号线。根据查询百度地图显示全程8.8公里，南京火车站到夫子庙坐3号地铁线，途经6个站点，需30分钟。1、首先从南京火车站步行190米，到达南京地铁站。2、其次乘坐地铁3号线，途经6个站点。3、最后到达夫子庙步行120米，到达终点。