船舶氮气系统和惰气系统的区别如下：1、用途不同。船舶氮气系统主要用于防爆、防火、保护货物质量，惰气系统主要用于保护油舱和防止氧化腐蚀。2、工作原理不同。船舶氮气系统通过向船舶内部或货物中充入氮气，减少氧气浓度，惰气系统通过收集、处理和再利用惰性气体，保持油舱内氧气浓度较低。