含义不同、适用场合不同。1、格式条款是指对于一类合同而言，是由合同起草者预先设计好的、具有一定的通用性、标准化的合同条款，而协商条款是指在实际交易过程中，参与交易双方在平等的基础上进行商讨、协商并制订的。2、格式条款适用于标准化的交易，而协商条款适用于交易双方需要就具体事项进行协商的场合。