厦门新生儿重大缺陷可以申请补助。需要符合以下条件的新生儿缺陷患儿家庭可以申请补助：1、厦门市户籍或连续在厦门市居住满1年以上的非户籍居民家庭。2、新生儿出生后被确诊为新生儿重大缺陷，缺陷类型符合救助标准。3、家庭经济条件较为困难，人均年收入不超过当年度全市居民人均可支配收入的60%。