能。物业公司不是二次供水的部分水费能抵扣进项税额，只要企业是一般纳税人，且取得与生产经营相关的水费都能抵扣进项税额。进项税额，是纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额。