穿破石根好。1、穿破石的根含有更多的有效成分，黄酮类、皂苷类、多糖等，成分具有更好的药理作用。穿破石的茎的药理作用很差。2、穿破石的根更容易获取，而且保存时间更长。穿破石的茎则难以获取，而且保存时间短。所以穿破石根好。