不能。微店支持的支付方式有微信支付、支付宝、信用卡、储蓄卡等多种支付方式，无需开通网银，花呗是蚂蚁微贷提供的这月买、下月还的信用网购服务，购物时可以使用花呗支付，确认还款后下月再进行还款，因此微店不支持使用花呗付款。