全国土壤普查合格证的作用如下：1.证明持有人已经完成了相应的土壤普查工作，并达到了相关标准和要求。2.持有人具备从事土壤普查工作的资格和能力。3.为高质量完成第三次全国土壤普查外业调查与采样工作提供技术保障。综上所述，全国土壤普查合格证对于从事土壤调查、研究和管理人员来说具有重要意义。