本学校。如果是在本校与其他学校合作培养本科生，那么档案应该是由本校负责管理和保管的，在录取合作培养本科生时，学生需要在本校和合作学校之间签订培养协议，明确培养计划、课程安排、学籍管理等细节。同时，在教学过程中，本校应当与合作学校有良好的沟通和协调，保障学生顺利完成学业和毕业流程。