六个二级单元。分别是梁家沟-南祁连分支、桂务沟-黑沟分支、土布沟-北拉官歇分支、祁连上游-祁连河分支、河汉河-下祁连分支和天海沟-五号站分支。二级单元覆盖了祁连山地貌特征，反映出祁连山地山脊维系、景观类型、地质构造及生态环境等多方面的差异性特征。