交管部门直接办理扣分手续。苏州市人民政府也设立了南京闯红灯处理窗口，可以通过该窗口免费为涉及苏州车辆的南京闯红灯违法行为办理处理。闯红灯是指机动车、非机动车、行人等违反交通信号灯指示在红灯亮起禁止通行时越过停止线并继续行驶的行为。