海南省琼海市原农科所合并为“琼海市热作水果发展中心的性质是一个行政机关”。该机构的主要职责是负责研究和推广热作水果的种植技术，推动相关产业的发展，由于该机构是由原来的农科所合并而来，并且其主要任务是围绕农业领域展开的，因此其性质应该是一个行政机关中的农业部门或相关部门。