不能。根据《浙江省网约车经营服务管理实施细则》规定，除了杭州市政府明确禁止的区域外，只有取得浙江省网约车运输证，并在杭州市交通运输管理部门完成网约车运输证备案，才能在杭州市合法运营网约车。因此，如果想在杭州市合法运营秦PLUSDMI冠军版网约车，需要先办理浙江省网约车运输证，并在杭州市交通运输管理部门完成备案手续。