工程部。根据台积电的组织结构，台积电智能制造工程师应该属于制造工程部门，而非工程部门。制造工程部门是台积电的核心部门之一，主要负责生产线的规划、优化和管理，以及生产过程中的质量控制、成本控制等工作。而工程部门则主要负责设备和工艺的研发、设计和改进等工作。