不能在南京用。根据查询昆山人力资源社保网显示不能直接在南京市使用昆山的社保卡，但是可以申请异地就医，在医疗结束之后回社保缴纳地进行报销。“异地”一般是指参保人参保的统筹地区以外的其他国内地区，“就医”则是参保人的就医行为，异地就医可以简单定义为参保人在其参保统筹地区以外发生的就医行为。