新能源公交车是黄牌主要是因为它们属于大型机动车，包括车长超过6米、总质量超过4500公斤或乘坐人数大于等于12人的车辆。此外，新能源公交车还有一个重要作用是减少环境污染，它们使用清洁能源，可以减少碳排放。