来源于原生质菌、放线菌、细菌、真菌等。合成纤维素分解酶的基因主要来源于原生质菌、放线菌、细菌、真菌等。其中，真菌是最具代表性的一类来源，如曲霉属、木霉属等，其产生的纤维素酶种类最多，具有广泛的降解纤维素能力。