公路管理机构。公司要将大件货物从桂林运到南宁，需要办理超限运输许可，根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》，承运人需要当向公路管理机构申请公路超限运输许可，具体来说，货物运输涉及跨省、自治区、直辖市，需要向起运地省级公路管理机构递交申请书，由起运地省级公路管理机构统一受理并组织协调沿线各省级公路管理机构联合审批。