不可以。法院调查令是指当事人在民事诉讼中因客观原因无法取得自己需要的证据，经申请并获人民法院批准，由法院签发给当事人的诉讼代理律师向有关单位和个人收集所需证据的法律文件，法院调查令的签发对象是有关单位和个人，主要是收集所需证据，因此，法院调查令不能直接开给医疗机构。