元代管理农业的机构是尚书省下设三司和宣政院。其中负责管理农业的机构是三司，主要职责是负责管理国家的财政、物资和农业等事务，三司下辖有御史台、户部、度支司，其中户部负责财政，度支司负责军费，御史台则对三司的工作进行监督，此外，宣政院也有管理农业的职责，是元代皇帝的决策机构，直接领导行政机构和官员，负责决策和制定国家政策，包括农业政策。