公司合并员工档案的处理是公司合并后，职工原有的劳动合同是有效的，由合并后的用人单位继承履行。劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。