用Python实现Circos图的绘制在线绘制的Circos图存在局限性，如对数据的要求、个性化程度和处理速度等。对于热衷于用Python进行个性化Circos图绘制的开发者来说，今天将通过代码实现这一目标。首先，登录Python的包索引网站PyPI，找到Circos包的下载页。该包的作者是EricMa，你可以下载wheeler文件进行本地安装，或直接在shell中通过pip进行安装：pipinstallcircos。注意，所支持的Python版本必须是3.x，对2.x不支持。接下来，选择数据。为了演示方便，我将展示处理药物与肝酶细胞色素P450的相互关系的可视化。从美国FDA官网下载不同细胞色素相关的口服药物表，共202种常用药物，涵盖内科学、肿瘤学、神经科和心理学等学科。数据结构按肝细胞色素酶分类，共分8个列：CYP1A2、CYP2B6、CYP2C8、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1和CYP3A4。导入各个模块和读入数据，包括从pandas和numpy导入相应功能，读取文件并提取数据。数据结构为pandas的DataFrame数据结构，细胞色素P450酶的名字为columns的名字。检查数据后，进行数据处理，尤其是处理NA数据。创建节点（nodes）数据，即各个药物和肝酶。创建连线（edges）数据，表示药物与特定肝酶之间的关系。绘制Circos图：c=CircosPlot(nodes,edges_origin,radius=10,nodecolor="blue",edgecolor="red",)c.draw()得到了所有药物与肝酶之间的图。个性化绘图。通过改变连线信息，如edges信息，可以分别可视化出不同肝酶的关系图形。例如，仅显示CYP2B6所代谢和转化的药物图形，通过PS将它们合并。显示特定药物。从202个药物中指定几个感兴趣的药物，如propafenone、acetaminophen等，重新建立edges，再次绘制Circos图，得到特定药物间的相互作用图。