昆明市食品药品监督管理局在昆明国家高新技术产业开发区、昆明国家经济技术开发区、昆明滇池国家旅游度假区设立了分局，这些分局作为派出机构，级别为正科级。各分局的行政编制为5名工作人员，其中包括2名领导职务。昆明市食品药品监督管理局负责保健食品的监督管理，但若法律、法规有其他规定，将依照其规定执行。食品安全监管的职责在昆明市已明确分工。具体来说，昆明市卫生局负责建立食品安全综合协调机制，实施综合监督，并承担食品安全综合协调和查处重大食品安全事故的职责。昆明市农业局负责监管农产品生产环节，昆明市质量技术监督局负责监管食品生产加工环节，昆明市工商行政管理局负责监管食品流通环节，而昆明市食品药品监督管理局则负责监管餐饮业和食堂等消费环节的食品安全。昆明市食品药品稽查队是昆明市食品药品监督管理局下属的直属执法单位，主要负责对药品、医疗器械、保健食品、化妆品和消费环节食品安全的违法行为进行稽查。昆明市食品药品监督管理局对稽查队的行政执法行为进行监督，并对其行为的后果承担法律责任。昆明市卫生局和昆明市食品药品监督管理局将根据情况推进食品药品监督管理队伍的整合。昆明市食品药品监督管理局负责管理昆明市的食品药品稽查队。