公司实行双倍工资扣除作为请假补偿措施在多数情况下系违法行为。依据我国劳动法律法规，劳动者若因故休假，雇主可依法扣除部分工资，但不得任意加倍。工资支付应遵循按劳分配原则，同工同酬。雇主所制定的请假扣薪制度须符合法律规定及公平原则。若公司采取双倍工资扣除方式处理员工请假事宜，员工有权与其进行协商。若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，请求公司归还多扣之工资。同时，员工务必妥善保存相关证据，如工资单、考勤记录等，以确保自身合法权益得到保障。