管理职能不同、含义不同。1、管理职能不同：商务部主要是负责公司的业务管理、品牌规划等职务，经营部主要负责统筹开发公司营销产品市场、产品销售、市场调查、产品售后服务及量体订制服务。2、含义不同：商务部处于运营部和客服部之间，经营部是公司的内设部门。