先说问题，不影响，工作档案一般指的是你参加工作之后的相关工作履历，如岗位调动，奖惩，任免等等，学籍档案就是你的学习经历，两个合并就是一份完整的人事档案，一般情况下是不会分开的，除非你去工作单位没有调动你的学籍档案，可以让单位把学籍档案调到单位办理档案合并，也可以跟存档人才中心说明情况看看是否可以把工作档案调入人才合并。