南京大报恩寺内有多处著名景点，包括香水河桥、香水河河道、中轴线主干道、天王殿、大殿、塔基、观音殿、法堂、御碑亭基址、琉璃宝塔及地宫。其中，琉璃宝塔最为引人注目。琉璃宝塔位于大殿之后，始建于永乐十年（1412年），直至宣德三年（1428年）才竣工，塔高78.2米，即便在数十里之外，亦可望见。塔身采用白瓷贴面，拱门则用琉璃制成。底层设有回廊，塔室内方形，各层塔檐、斗拱、平坐、栏杆装饰有狮子、白象、飞羊等佛教题材的五色琉璃砖。由于各层尺寸不一，使得塔身显得尤为精致。大报恩寺的建造耗时17年，而同期的北京紫禁城仅用了3年半。这主要归因于琉璃塔的建设难度极大，导致工程多次延期。据后人估算，仅修建琉璃塔一项，所耗用的钱粮折合白银高达248万余两。明成祖朱棣给琉璃塔御赐了"第一塔"的称号，其特点可归纳为"三绝"。第一绝，巨构殊形，高耸云日。琉璃塔是中国古代最高建筑之一，高78.02米，相当于26层楼的高度。第二绝，通体琉璃，独步古今。琉璃塔的主体为砖砌，除了塔顶有一根"管心木"之外，整个建筑不施寸木。其内外层全部用各种造型、颜色的琉璃构件榫合而成，这种独特的装饰艺术赢得了"中国之大古董，永乐之大窑器"的美誉。第三绝，长夜深沉，佛灯永明。每当夜幕降临，琉璃塔上就会点燃144盏如火炬般明亮的油灯，彻夜不熄。这些油灯安置在塔壁的144扇窗户内，窗户由磨制得极薄的蚌壳制成，名为"明瓦"。自宣德三年琉璃塔建成之日起，大报恩寺就安排了100名僧人轮流值班，确保夜夜塔灯通明。据一份明代官员向皇帝提交的账单记载，琉璃塔上每盏油灯每夜所需的灯油为六两四钱，整个琉璃塔每月所耗用的灯油总量为1530斤。