副部级。南京大学党委书记的行政级别是副部级。副部级大学，又称中管高校，是中国共产党中央委员会直接管理的高校，其党委书记、校长职务均列入《中共中央管理的干部职务名称表》，为中管干部，副部级是中国行政级别的一种，对应的是国务院各部委副职、各省副职、各副省级市政府正职等。