过程主要涉及板块构造、地壳运动以及海水的侵入。地球表面的岩石圈分为若干块大小不等的板块，相互碰撞、挤压，形成山脉、地震等地质现象。板块间的相互作用使得地壳发生扭曲变形，形成横断山区。地壳的变形和断裂使得钦州湾受到张力作用，产生裂隙和断层。随着地壳的继续运动，钦州湾地区发生断裂下陷，形成了茅尾海。海水沿着断裂下陷的通道涌入，形成了茅尾海。