农村低保户单身汉可以办祖上留下的土房子的不动产权证书。根据国家规定，农村低保户单身汉也是我国公民，只要是公民都可以办理不动产权证书，农村低保户的宅基地是能够和其他农户一样确权登记发放不动产权证的。农村低保户是由于家庭贫困导致的生活发生困难的，才被村民委员会上报并批准为低保户，这跟农村宅基地确权登记发证，是没有任何关系的。